Aufgrund der 2005 ins Leben gerufenen Exzellenzinitiative einigten sich das damalige Forschungszentrum und die Universität Karlsruhe auf ein gemeinsames Zukunftskonzept: beide Wissenschaftseinrichtungen sollten durch eine Fusion die bis dahin starke Trennung von universitärer und außeruniversitärer Forschung aufbrechen.

Ergebnis der Exzellenzinitiative 2006 war die Bestätigung dieses Wegs. In einem Gründungsvertrag wurde 2007 zunächst das Karlsruher Institut für Technologie (KIT) als enge Kooperation zwischen den beiden Einrichtungen vereinbart. 2008 beschlossen die Regierungen von Bund und Land die Fusion von Universität und Forschungszentrum zum KIT. Das dazu notwendige Landesgesetz und die zwischen Bund und Land verhandelte Verwaltungsvereinbarung waren dann Voraussetzung für das 2009 vereinte KIT.

Die Verwaltungsvereinbarung definierte zwei Phasen: Phase 1 von 2009 bis 2011, und Phase 2 mit mehr Selbständigkeit und der Arbeitgebereigenschaft für das KIT ab 2011. Durch Verzögerungen wurde der Beginn von Phase 2 auf Mitte 2012 (In-Kraft-Treten des KIT-Weiterentwicklungsgesetzes) bzw. Anfang 2013 (Überleitung der Angestellten vom Land an das KIT) festgelegt.

Der Personalrat engagierte sich - anfangs noch getrennt als Betriebsrat des Forschungszentrums Karlsruhe und als Personalrat der Universität Karlsruhe - während der gesamten Zeit für den Erhalt der Rechte der Mitbestimmungsgremien und für gute Arbeitsbedingungen der Beschäftigten.